Auteur : paulinegouth

Et si notre microbiote pouvait expliquer en partie le Covid-19 ? 

Le Covid-19 est une infection du système respiratoire, des muqueuses nasales jusqu’aux poumons et les symptômes sont localisés dans cette région, comme la toux et la détresse respiratoire. Pour autant, le système digestif et les intestins ne sont pas toujours épargnés. De fait, plusieurs malades souffrent de désordres gastro-intestinaux : diarrhées, vomissements…

Alors nos bactéries intestinales nous protègent-elles?

Une étude baptisée Covibiome vient de débuter à l’AP-HP.

Il y a peu, une bactérie nommée Prevotella, courante chez les humains, pourrait jouer un rôle dans l’infection du Covid-19. À ce jour, il ne s‘agirait encore que d’une théorie selon la communauté médicale. Néanmoins, beaucoup estime que le microbiote pourrait jouer un rôle dans l’infection, ou du moins dans la sévérité de certains cas. 

« On sait aussi qu’il y a des symptômes digestifs chez 5 à 20 % des patients. Il semble que les patients qui ont des symptômes digestifs soient plus fréquemment exposés à une forme grave de la maladie. Et parmi les facteurs de risque de développer une forme grave du Covid-19, vous avez l‘obésité et le diabète, ce que l’on appelle le syndrome métabolique, et on sait que ces patients ont une altération de leur microbiote. »

Il a également été prouvé que la bonne santé ou non de notre microbiote peut influencer la gravité d’une grippe. « On sait que le microbiote intestinal peut moduler la sévérité de ce type d’infection et notamment si on a un microbiote intestinal appauvri. »

« Par exemple, par une prise d’antibiotiques, cela va exposer une forme plus grave de grippe », confirme le professeur Sokol. 

« Inversement, si on a un microbiote enrichi avec notamment une alimentation riche en fibres alimentaires, la grippe va être moins souvent grave et avec des mécanismes qui dépendent de petites molécules produites par le microbiote intestinal qui vont avoir des effets anti-inflammatoires jusqu’aux poumons. »

Les selles de 300 patients infectés par le Covid-19 sont en cours d’analyse et devraient mettre en lumière ou non une certaine corrélation entre la présence de certaines bactéries dans l’intestin et la gravité de la maladie. 

Le gastroentérologue ajoute « Une bactérie ou une molécule qui diminue fortement chez les patients qui vont faire une forme sévère, on peut imaginer la ré-apporter pour essayer d’améliorer les choses.»

Les résultats de cet essai devraient être révélés dans le courant de l’été.

Vous aussi vous avez déjà eu mal au ventre à cause du stress ? Une angoisse qui monte et c’est le ventre qui s’exprime ? Preuve que notre tête et bien liée à notre ventre, et vice versa.

La dépression est aujourd’hui la première cause d’incapacité dans le monde d’après l’OMS (Organisation Mondiale de la Santé). Il s’agit d’une affection courante dans le monde, qui touche plus de 264 millions de personnes. Elle diffère des sautes d’humeur habituelles que l’on connait toutes et tous, et des réactions émotionnelles passagères face aux problèmes du quotidien. Quand elle perdure et que son intensité est modérée, voire sévère, la dépression peut alors devenir une maladie grave.

Mais comment apparait cette maladie ? Selon de récentes études, un profond déséquilibre du microbiote (=dysbiose) et associée à une inflammation chronique de l’intestin pourraient être à l’origine de certains types de dépression.

On sait aujourd’hui qu’une personne sur dix serait touchée par la dépression au cours de sa vie, et la corrélation entre dépression et les différents facteurs environnementaux (pollution, hygiène de vie, stress, etc) est chaque jour plus évidente. Notamment la détérioration de la qualité nutritionnelle et une possible inflammation intestinale comme énoncé précédemment. C’est pourquoi, les chercheurs se sont penchés sur l’influence que pourrait avoir notre microbiote intestinal sur notre santé mentale, via le nerf vague. Néanmoins, on peut se demander si c’est le microbiote qui cause des dérèglements de l’humeur, ou les états dépressifs qui finissent par dérégler le microbiote.

L’axe intestin-cerveau est un système de communication bidirectionnel. En effet, ce système permet aux bactéries de l’intestin de communiquer avec le cerveau et au cerveau d’envoyer des signaux à l’intestin.

Une revue scientifique de 2018 montre qu’il existerait une forte corrélation entre les symptômes mentaux liés au stress et le syndrome du côlon irritable (SCI), donc une inflammation de l’intestin. En s’intéressant de plus près à cette corrélation, on s’aperçoit que plus de 50 % des personnes souffrant du SCI sont également atteintes de dépression ou d’anxiété. « Ces résultats suggèrent que l’axe intestin-cerveau pourrait fournir de nouvelles cibles essentielles pour la prévention et le traitement de la dépression et d’autres troubles neuropsychiatriques.»

On peut donc en déduire que l’homéostasie de l’intestin, qui dépend de sa richesse et de sa diversité bactérienne, pourrait être essentielle au maintien de la stabilité de l’humeur. Une étude de Brittany L. Mason menée en 2017 sur les liens entre l’alimentation et les conditions psychiatriques montrait que l’augmentation de la perméabilité intestinale (signe de détérioration de la paroi intestinale) est un des facteurs de la dépression. Ainsi, les habitudes alimentaires à long terme influencent fortement la composition du microbiote intestinal, ainsi que les facteurs de stress physiques, psychologiques et environnementaux.

Il a notamment pu être observé que le régime méditerranéen aurait des effets bénéfiques sur les troubles de l’humeur, comme l’a indiqué le Dr Ted Dinan, professeur de psychiatrie à l’University College Corka (Irlande), en entrevue à Psychiatry Advisor. « Il ne fait aucun doute qu’un régime méditerranéen comprenant des aliments fermentés a un impact positif sur la santé mentale des personnes souffrant de dépression», et que «l’exercice, qui a également une puissante activité antidépressive et favorise une plus grande diversité du microbiote, devrait être encouragé chez toutes les personnes souffrant de dépression ».

Néanmoins, prudence, ne sautons pas trop vite au conclusion car l’hypothèse d’un rôle direct du microbiote intestinal dans l’éthiopathogénie des troubles dépressifs associés à un processus inflammatoire se base sur des preuves limitées et ne peut être encore considérée comme établi.

Notre microbiote intestinal se modifie chaque jour, à chaque heure même. En effet, vou puisqu’il est constitué de milliards de bactéries qui vivent et meurent dans notre intestin. Fort heureusement, s’elles qui périssent laissent alors place à leurs descendantes. Autrement dit notre microbiote intestinal est relativement stable au cours du temps. Néanmoins, il demeure fragile et certaines perturbations peuvent le modifier et ce sur le long terme. Par exemple, en faisant un traitement de plusieurs jours aux antibiotiques, ces derniers vont éliminer de manière indifférenciée aussi bien les mauvaises que les bonnes bactéries et l’impact sur le microbiote intestinal se fait sentir sur plusieurs mois.

Il est également possible de modifier son microbiote intestinal à plus court terme et positivement. Comment ? Notamment en consommant des probiotiques (= bactéries présentes dans les intestins et pouvant se vendre en pharmacie sous forme de cure) ou des prébiotiques (= fibres qui nourrissent ces bactéries). C’est pourquoi il est important de consommer environ 30 g de fibres par jour pour nourrir et prendre soin de nos bonnes bactéries qui ont un rôle majeur dans notre santé et notre immunité. Mais attention, si on cesse cette consommation de fibres en mangeant essentiellement des produits ultra-transformés (= es arômes et toutes les substances alimentaires qui ne sont pas habituellement utilisées en cuisine et que les industriels utilisent pour imiter les qualités organoleptiques d’un aliment brut)

Néanmoins, Nathalie Delzenne, leader du Metabolism and Nutrition Research Group de l’Université catholique de Louvain, explique qu’il ne faut pas attendre de solutions miracle sans preuve scientifique : « Nous comprenons de mieux en mieux l’influence du microbiote intestinal, mais il n’existe pas à l’heure actuelle de technique permettant de le modifier de façon à influencer notre état de santé qui soit validée par des études d’intervention bien menées par les scientifiques. » En effet, elle ajout « on pense à l’heure actuelle qu’il existe des clusters de bactérie qui ont tendance à coexister dans les intestins». Actuellement, les chercheurs cherchent à classer les personnes par « entérotypes », des types de microbiote intestinal, semblables aux groupes sanguins. Il serait donc possible qu’on appartienne à tel ou tel groupe de bactéries et qu’on ne pourrait pas en changer, ou difficilement. Mieux connaître le microbiote ouvre cependant des pistes de nouvelles approches thérapeutiques pour les médecins.

Chacun de nous est quotidiennement confronté aux facteurs en cause dans l’altération du microbiote. On y retrouve par exemple :

– Le stress

– Les infections bactériennes ou virales

– La pratique intensive du sport, générant un stress pour l’organisme

– Les médicaments et surtout les antibiotiques

– Les modifications hormonales

– La consommation d’alcool

– Les toxines, les polluants et les additifs alimentaires

– L’alimentation

L’alimentation a un rôle déterminant dans la composition et la diversité du microbiote. Mauvaise nouvelle, nos habitudes de consommation ont un impact conséquent sur sa diversité :

Les produits gras

Si vous souhaitez prendre soin de votre microbiote, il va falloir diminuer les graisses. En effet, une alimentation trop riche en graisses a une influence directe sur le microbiote intestinal. Une équipe de l’Inserm a étudié les conséquences d’une alimentation riche en lipides sur des souris. Il est essentiel de savoir en amont que les bactéries ne traversent usuellement pas la paroi intestinale, grâce aux peptides antimicrobiens (des protéines naturelles produites par l’épithélium) qui la protègent. Mais, en cas d’alimentation riche en graisses, la production des peptides diminue massivement, notre paroi intestinale perdant alors sa protection. De plus, la famille des Firmicutes augmente considérablement, cette famille de bactéries étant majoritaire chez les personnes en surpoids ou obèses.

Le sel

Vous le savez, l’excès de sel nuit à notre santé. Et les Français consomment presque le double des recommandations quotidiennes de l’Organisation Mondiale de la Santé. Une étude menée sur les souris puis chez l’homme révèle qu’une alimentation trop riche en sel favorise l’hypertension et une augmentation des lymphocytes Th17, en cause dans l’inflammation. En outre, un excès de sel induit une quasi disparition des lactobacilles, bactéries essentielles au bon fonctionnement de l’organisme. Aussi, allez-y doucement sur la charcuterie, les fromages, les produits transformés et même le pain !

Le sucre

Eh oui, tous nos petits plaisirs coupables nuisent à notre microbiote. Et les effets d’un excès de sucre sur l’organisme sont ravageurs. Tout d’abord, une consommation conséquente de sucre augmente la graisse hépatique, nuisant de fait au foie et favorisant la stéatose hépatique (ou maladie de NASH). De plus, trop de sucre induit inéluctablement à une prise de poids et de graisse corporelle. Encore, comme si cela n’était pas suffisant pour vous faire vider la boîte à bonbons, le sucre favorise une dysbiose, ou déséquilibre, de la flore intestinale. Là, vous regrettez très certainement votre pot de glace ingurgité hier soir…

Les édulcorants

On les connaît trop peu mais ils sont omniprésents dans l’alimentation : sodas lights, confitures, céréales de petit-déjeuner… On y échappe difficilement. Et justement, six des édulcorants les plus courants (aspartame, sucralose, saccharine, neotame, advantame et acesulfame K) ont été passés à la loupe. Car si des liens ont été établis entre les édulcorants et le développement de cancers, de diabète de type 2 ou encore de l’altération de l’activité du microbiote, les mécanismes n’ont pas été mis en lumière. Une équipe de recherche a étudié chacun desdits édulcorants en présence de bactéries Escherichia coli, massivement présentes dans l’intestin, ici génétiquement modifiées afin d’émettre un signal lumineux en cas de présence de substances toxiques. Le résultat est sans appel : ces six édulcorants sont toxiques pour le microbiote. En effet, ces bactéries ont produit de la lumière car elles étaient en présence de substances toxiques, les édulcorants de notre quotidien. Il s’agit bel et bien d’une preuve de l’impact négatif sur la composition du microbiote en présence d’édulcorants artificiels.

Dans notre intestin vivent des milliards de bactéries. Cet écosystème, appelé flore intestinale ou microbiote, forme un organe unique, propre à chaque individu. Les chercheurs commencent à identifier ses multiples rôles dans l’organisme. Aujourd’hui, de plus en plus de recherches scientifiques ont notamment permis de mettre en évidence la corrélation entre dysbiose, c’est-à-dire un déséquilibre du microbiote intestinal, et de nombreuses maladies auto-immunes. Que ce soit les MICI (Maladies Inflammatoires Chroniques de l’Intestin comme la Maladie de Crohn et la rectocolite hémorragique), la polyarthrite rhumatoïde ou encore le diabète de type 1.

Concernant le diabète de type 1, des chercheurs australiens sont allés jusqu’à identifier précisément certaines altérations du microbiote intestinal associées à l’apparition d’un diabète de type 1.

Ce diabète, appelé aussi diabète insulinodépendant (DID), représente 10 à 15% des cas de diabète soit environ 300 000 personnes. Il survient le plus souvent chez un sujet non obèse, avant l’âge de 30 ans. Il est dû à la destruction des cellules du pancréas spécialisées dans la production d’insuline (une hormone vitale qui régule le taux de glucose sanguin) : les cellules bêta des îlots de Langerhans. Cette destruction étant la conséquence d’une attaque par les défenses immunitaires du patient.

La cause de cette destruction est auto-immune (action anormale du système immunitaire) : l’organisme ne reconnaît plus les cellules bêta de Langerhans et les détruit via des anticorps et des lymphocytes T. Le glucose ne peut alors plus entrer dans les cellules et retourne dans le sang. Résultat : le taux de glucose dans le sang s’élève. La cause reste néanmoins encore inconnue : on ne sait pas exactement pourquoi elle se déclenche chez certaines personnes et non chez d’autres. Toutefois, plusieurs facteurs favorisants ont été mis en avant :

– Des facteurs environnementaux encore mal connus comme les toxiques, les virus, etc. D’ailleurs, le diabète de type 1 est souvent associé à d’autres maladies auto-immunes ( thyroïdite de Hashimoto, maladie de Basedow, myxœdème idiopathique, maladie d’Addison, maladie de Biermer, vitiligo, maladie cœliaque, etc.) ;

– Une prédisposition génétique au diabète de type 1 liée à certains gènes du système HLA situé sur le chromosome 6.

En revanche, les raisons du déclenchement d’une telle attaque demeurent imprécises.

Les travaux menés par l’équipe du Dr Emma Hamilton-Williams (Université du Queensland, Australie) ont permis de prouver que ces prédispositions génétiques provoquaient tout d’abord des modifications du microbiote intestinal, avec en autres une diminution des populations de Ruminococcus, Lachnospiraceae et des bactéries de la famille Clostridium. Ces modifications étant associées à une perturbation de l’auto-immunité, principalement médiée par l’interleukine 2 (un type de cytokine du système immunitaire, qui contribue à la réponse naturelle du corps à une infection microbienne (en stimulant la prolifération lymphocytaire) et à la différenciation de la réponse des lymphocytes T auxiliaires (en faisant la différence entre les cellules étrangères et personnelles). Dans un premier temps, cette démonstration fut faite sur des souris puis, dans un second temps, sur des humains prédisposés au diabète de type 1. Les auteurs vont désormais engager des essais cliniques d’immunothérapie pour tenter de démontrer qu’en corrigeant la dysbiose, le déclenchement du processus auto-immun pourrait être évité. Une telle découverte offrirait de nouvelles perspectives et de nouvelles voies thérapeutiques non seulement pour les personnes génétiquement prédisposées au diabète de type 1 mais aussi pour tous ceux qui seraient prédisposés à développer d’autres maladies auto-immunes impliquant des perturbations du microbiote intestinal. De quoi donner de l’espoir ! 

Une autre équipe de recherche coordonnée par Julien Diana, chargé de recherche à l’Inserm, s’est elle intéressée aux cathélicidines. Ces molécules sont des peptides (= petites protéines) antimicrobiens connues pour réguler le système immunitaire dans certaines maladies auto-immunes. Ces cathélicidines pourraient donc intervenir dans le contrôle du diabète de type 1.

Cette équipe de chercheurs a eu recours à deux types de souris : l’un en bonne santé et l’autre diabétique. Ils ont alors pu observer que les cellules pancréatiques des souris saines produisent des cathélicidines alors que les souris diabétiques en produisent que très peu. Afin de vérifier leur hypothèse, les chercheurs ont injecté ensuite les cathélicidines chez les souris malades. Julien Diana conclu « L’injection de cathélicidines réfrène la mise en place de l’inflammation au niveau du pancréas et ainsi, réprime le développement du diabète auto-immun chez ces souris ».

Par ailleurs, la synthèse des cathélicidines est stimulée par des acides gras à chaîne courte produits par certaines bactéries du microbiote. La faible production de ces peptides chez les souris diabétiques pourrait donc bien être liée à une dysbiose. Les expériences ont confirmé que les souris malades présentent un déficit d’acides gras à chaîne courte comparées aux souris en bonne santé. Ils ont alors transférer un échantillon de microbiote de souris saines chez les souris malades, ce qui a permis de rétablir un niveau normal de cathélicidines chez ces souris. Entraînant ainsi une diminution de l’incidence du diabète.

« Ces travaux sont une nouvelle preuve du rôle indéniable du microbiote dans les maladies auto-immunes, plus particulièrement dans le contrôle du développement du diabète auto-immun », affirment les auteurs. 

Jane A. Mullaney et coll. Type 1 diabetes susceptibility alleles are associated with distinct alterations in the gut microbiota. Microbiome 2018 ; 6 : 35 (article publié le 17 février 2018)

Laetitia Furio, Ramine Mecheri, Peter van Endert, Birgitta Agerberth, Julien Diana, Jia Sun  Pancreatic β-Cells Limit AutoimmuneDiabetes via an Immunoregulatory Antimicrobial Peptide Expressed under the Influence of the Gut Microbiota Article VOLUME 43, ISSUE 2, P304-317 (august 18, 2015)