Dans chacune de nos cellules, nous avons un génome humain qui représente notre code génétique. Ce dernier est déjà extrêmement complexe et nous ne le comprenons pas encore en totalité. Or, si nous mettions bout à bout l’ensemble des génomes des bactéries présentant dans l’intestin, cela représenterait entre 100 et 150 fois la taille du génome humain. Ce qui caractérise la complexité de ce microbiote que nous tentons d’étudier, et c’est pourquoi nous n’en sommes qu’au début de la compréhension de ce microbiote.
La complication réside alors dans le fait que tous ces microorganismes intestinaux vivent ensemble, ont des interactions les uns avec les autres et donc avec nos propres cellules, donnant un système d’une complexité gigantesque et nous commençons seulement à comprendre partiellement ces interactions.
Il est néanmoins évident que, malgré des facteurs génétiques, il y est également des facteurs environnementaux qui entreraient en ligne de compte. Ainsi, une infection, qu’elle soit dans l’intestin ou en dehors de l’intestin a des effets sur le microbiote, le tabac a des effets délétères sur le microbiote. En effet, lorsque l’on regarde le microbiote d’un fumeur, il s’avère qu’il possède un microbiote similaire à quelqu’un qui aurait la maladie de Crohn.
C’est pourquoi, chacun agit en profondeur sur son microbiote grâce à des gestes que nous faisons au quotidien sans même que nous nous rendions compte, et sans comprendre les implications, bonnes ou mauvaises, de nos choix. Il est nettement plus facile de modifier le microbiote que le génome humain.
En effet, les bactéries intestinales sont en effet sensibles aux modifications de l’alimentation, du sommeil, du sport, mais aussi au stress, aux médicaments, et aux pathologies ou encore à la transplantation fécale. Il revient donc aux spécialistes de ce domaine de trouver le moyen de maîtriser ces altérations afin d’améliorer la santé de l’individu et de la collectivité. Cela permettrait notamment de savoir quel type de régime alimentaire et sportif conviendrait le mieux à chaque individu, comment tel ou tel mode de vie pourrai influer l’organisme
L’âge aussi va malheureusement joué sur le microbiote. Mais également le mode d’accouchement et notamment si on va avoir un accouchement par voie basse ou césarienne ça va conditionner les premières bactérie qui formeront notre microbiote. Et le facteur le plus important est évidemment l’alimentation, car ce que nous mangeons va avoir des effets majeurs sur notre microbiote.
Les objectifs de la recherche fondamentale et translationnelle sont de guérir les MICI, mais cela reste complexe car chaque patient équivaut à une maladie et donc les solutions seront différentes pour quasiment chacune d’elles. Il reste d’ailleurs beaucoup de travail pour mieux comprendre les causes et les mécanismes de développement de ces maladies,
Le microbiote est donc considéré comme nouvel organe, un biomarqueur basé sur le microbiote pour guider la thérapeutique personnalisée de demain, un acteur majeur pour notre santé et pour le développement d’un certain nombre de maladie et donc une source de nouveaux traitements comme la transplantation fécale.
Voici un schéma du processus de transplantation fécale
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