Qu’est que le microbiote ?

Qu’est que le microbiote ? 

Le microbiote est l’ensemble des micro-organismes (bactéries, virus, parasites, champignons) non pathogènes qui vivent dans un environnement spécifique. Dans l’organisme, il existe différents microbiotes, au niveau de la peau, de la bouche, du vagin etc.  Le microbiote intestinal est le plus important d’entre eux, avec 10^12 à 10^14 micro-organismes. Ce microbiote est principalement localisé dans l’intestin grêle et le côlon. Il est réparti entre la lumière du tube digestif et le mucus intestinal, sur l’épithélium. 

La présence de micro-organismes dans l’intestin est connue depuis plus d’un siècle et il a vite été conclu que notre organisme et cette flore intestinale vivaient en symbiose, car aucun ne peut réellement subsister sans l’autre. Mais, jusqu’à maintenant, les moyens techniques permettant d’étudier les détails de cette interaction étaient limités. En effet, seule une minorité de bactéries constituant le microbiote pouvait être cultivée in vitro. 

Le rôle du microbiote intestinal est aujourd’hui de mieux en mieux connu. Nous pouvons désormais affirmer qu’il joue un rôle dans les fonctions digestive, métabolique, immunitaire et neurologique. En conséquence, la dysbiose, c’est-à-dire l’altération qualitative et fonctionnelle de la flore intestinale, est une piste sérieuse pour comprendre l’origine de certaines maladies, notamment celles qui seraient dues à des mécanismes auto-immuns ou inflammatoires.

Un écosystème unique 

À l’instar de l’empreinte digitale, le microbiote intestinal est propre à chaque individu : il est unique sur le plan qualitatif et quantitatif. Parmi les environ 160 espèces de bactéries que comporte le microbiote d’un individu sain, moins de la moitié serait communément retrouvée d’une personne à l’autre. Même s’il existerait une base commune de 15 à 20 espèces nécessaires aux fonctions essentielles du microbiote.

De plus, le microbiote d’un individu se constitue dès sa naissance, lors du contact avec la flore vaginale pendant un accouchement par voie basse, et au contact des micro-organismes de l’environnement. La colonisation bactérienne a lieu de façon progressive, dans un ordre bien précis : les premières bactéries intestinales ont besoin d’oxygène pour se multiplier (bactéries aérobies : entérocoques, staphylocoques…), donc en consommant l’oxygène présent dans l’intestin, elles favorisent indirectement les bactéries anaérobies (bactéroides, clostridium, bifidobacterium, etc).

Puis intervient les facteurs tels que la génétique, le niveau d’hygiène, les traitements médicaux reçus et l’alimentation, qui vont influencer la composition du microbiote intestinal et lui permettre d’évoluer de manière qualitative et quantitative pendant les premières années de vie. Ainsi, des traitements médicaux, des modifications de l’hygiène de vie ou divers événements peuvent venir modifier le microbiote, de façon plus ou moins durable. Par exemple, un traitement antibiotique réduit la qualité et la quantité du microbiote sur plusieurs jours voire plusieurs semaines. Les espèces initiales sont capables de se rétablir en grande partie, mais des différences peuvent alors subsister. Des antibiothérapies répétées au cours de la vie pourraient donc induire une évolution progressive et définitive du microbiote, potentiellement délétère. Néanmoins, nous ne serions pas tous égaux face à ce risque : certains individus auraient un microbiote plus stable que d’autres, face à un même événement perturbateur.